La especie está amenazada por la competencia directa del hombre por las poblaciones de peces, lo que provoca el agotamiento de los peces, el alimento del águila. La erosión del suelo provoca la pérdida continua del hábitat de nidificación y alimentación de la especie. Además, la tala insostenible de árboles de Rhizophora mucronata y Ceriops tagal y la presencia de una especie de gusano invasor (aún no identificada) son también una amenaza para que el águila anide en el manglar. La contaminación del agua es una amenaza potencial dada la dependencia de la especie de los peces y la tendencia de los contaminantes a acumularse en los tejidos de las presas. La sobrepesca
En el parque se vigilan unas diez parejas, la mayoría de las cuales se encuentran en los manglares. Para ello, se ha establecido un estricto control de la pesca con un seguimiento regular de los peces capturados por los pescadores. Se han establecido tarjetas de afiliación para los pescadores con el fin de controlar que respeten las cuotas de pesca y también para limitar las capturas y las molestias en los nichos de las águilas. Esto se hace especialmente para la gestión de la pesca en torno al Parque Nacional de Nosy Hara. Además, una asociación de mujeres es muy activa en la restauración de los manglares y en la sensibilización de la comunidad para la protección del hábitat de la especie.