L'espèce est menacée par la concurrence directe de l'homme pour les stocks de poissons, ce qui entraîne la raréfaction des poissons, nourriture de l'aigle. L'érosion des sols entraîne une perte continue de l'habitat de nidification et d'alimentation de l'espèce. En outre, la récolte non durable des arbres Rhizophora mucronata et Ceriops tagal et la présence d'une espèce de ver invasive (non encore identifiée) constituent également une menace pour l'aigle nichant sur la mangrove. La pollution de l'eau est une menace potentielle étant donné la dépendance de l'espèce vis-à-vis des poissons et la tendance des polluants à s'accumuler dans les tissus des proies. Surpêche
Une dizaine de couples sont suivis dans le parc, dont la plupart se trouvent dans les mangroves. Pour cela, un contrôle strict de la pêche a été mis en place avec un suivi régulier des poissons pêchés par les pêcheurs. Des cartes de membre pour les pêcheurs ont été mises en place afin de contrôler le respect par les pêcheurs des quotas de poissons capturés et aussi pour limiter la récolte et la perturbation des niches des aigles. Ceci est particulièrement fait pour la gestion de la pêche autour du parc national de Nosy Hara. En outre, une association de femmes est très active dans la restauration des mangroves et dans la sensibilisation de la communauté à la protection de l'habitat de l'espèce.
