Las principales amenazas a las que se está enfrentando la especie es la sobrepesca, el enmalle en redes, perturbación por actividades humanas y ataque por predadores locales e introducidos. El cambio climático y el calentamiento de los océanos puede afectar de manera indirecta a los pingüinos y sus tasas de supervivencia, a través del cambio en la circulación de las corrientes y efectos sobre las cadenas tróficas. Otra amenaza a la que se está enfrentando la especie es la pesquería. Muchas veces mueren enredados con redes de pesca o son cazados para consumo, para ser usados como cebos o para venta como mascotas. También está la explotación excesiva del guano, lo que limita los lugares de elección, por estas aves, para la anidación. Otros factores que influyen son la contaminación del mar, perturbación humana o el efecto de depredadores como zorros o gatos.
Acciones desarrolladas por la jefatura de la Reserva:
Sensibilización y Educación ambiental a los diferentes actores del ANP y su zona de amortiguamiento, acciones de vigilancia y control, vigilancia y control con actores (pescadores) y con autoridades, y evaluación de los planes de manejo para la extracción del guano de Islas. Los esfuerzos para regular la extracción del guano de las islas han sido efectivos en las islas en las que se aplicaron, pero la extracción en muchas islas no es monitoreada, y se realiza extracción ilegal en algunos lugares del rango de distribución de la especie.
